Ejemplo:

Seleccione desde el escritorio la UDN desde la cual realizó la factura, la cual sustituirá
Ingrese al objeto FRL_FAC_DOCUMENTOCAN clic en Nuevo y abrirá FRR_FAC_DOCUMENTOCAN 
Tipo de Transacción: seleccione CANSUS
Cliente: ingrese el código del cliente
Fecha: muestra la actual por default
Referencia a Factura: ingrese la referencia a la factura que requiere sustituir
Referencia a Factura Sustitución: mostrará la referencia de la factura hasta que sea creada
Motivo Cancelación: 01 Comprobante emitido con errores con relación
Haga Clic en el botón Registrar y seleccione Crear, Sustitución y Sí para guardar documento

En Ref. Factura Sustitución muestra la referencia del clon de la factura que requiere sustituir, haga clic en el botón de enlace (se encuentra encerrado en el cuadro rojo) 

Abrirá el clon de la Factura a sustituir
Tipo de Transacción: seleccione Factura Folios Fiscales
Subtipo de Transacción: Refacturación

Podrá modificar los siguientes campos
En Método de Pago 
Uso de CFDI
Forma de Pago
Cuando termine de Modificar Haga clic en Registrar y seleccione, Timbrar y Aplicar

En FRR_FAC_DOCUMENTOCAN
Haga clic en Registrar y seleccione Cancelar Con Sustituta